藏传佛教的活佛转世体系是由噶举派中的噶玛噶举（黑帽系）创立的，这种转世制度对藏传佛教的发展产生了极为深远的影响。

四派之中，宁玛、萨迦初时均以家族世袭的方式继承；噶举、噶当则以师徒方式继承；噶玛噶举用这种方式树立起了噶玛巴不争的教主权威，防止了噶玛噶举的分裂。

同属噶举派，而且当时实力大于噶玛噶举派的帕竹噶举派，因没有及时采用这种做法而分裂成了八个支派就是证明。

随着这种做法的利弊日趋明朗，活佛转世制度也被其他教派所采纳，就连教理教义、修习次第、经院组织、持戒力度均十分严谨的格鲁派，也不得不在宗喀巴大师圆寂一百二十多年后，于三世达赖和四世班禅开始正式采纳这一制度，形成为格鲁派两大活佛世系。

藏传佛教转世活佛的来源大体有几类，一类是佛、菩萨的化身，藏语称“朱古”，如班禅大师在藏传佛教中被认为是无量光佛的化身，达赖喇嘛和噶玛巴都被认为是观世音菩萨的化身；另一类被认为是由大法台成为转世活佛的，藏语称“赤朱”，如历史上担任过格鲁派教主法位的甘丹赤巴，若其生前不是活佛，则圆寂后亦可形成活佛系统转世。

还有一类是被认为是自修而成的活佛，藏语称“让炯朱古”，凡学识渊博、其品德和修行成就有高深造诣、在僧众信众中有很高威望、被认定已修得菩萨阶品者，死后可以由其上首弟子寻找认定转世灵童。

活佛转世制度形成后的初期并没有“活佛”这种称谓。所谓“活佛”，是汉语习惯称谓，并不能准确表达它原有的本意，藏传佛教出现的高僧转世，应该理解为“转世尊者”或“化身”，而不能望文生义地说是“活着的佛”。

在藏语中，对转世高僧有多种不同的尊称，最为常用的有“珠古”“喇嘛”“阿拉”“仁波切”等，蒙语则尊称之为“呼毕勒罕”“葛根”等。

“汉语“活佛”一词，最早见之于正史是在明代。据《明实录》记载，正德十年（1515）十一月，明武宗左右近幸向他进言：“西域胡僧有能知三生者，土人谓之活佛。”这是最早“活佛”二字见于典籍的记载。

藏传佛教的活佛转世，会让普通人感到莫大的兴趣和神奇。这当中固然有宗教文化差异的原因，却也有令人不得不心折臣服的理由。它的整个过程是严谨庄重神圣的。

以班禅喇嘛或达赖喇嘛的转世为例。上一世的活佛在圆寂前会留下相应的预言和征兆，随后，上世活佛的老师（以达赖喇嘛为例，他的老师则是班禅喇嘛，班禅和达赖互为师长）及其经师会举行法事，祈请护法神的降临，再前往山南加查县的拉姆拉措圣湖观湖（拉姆拉措是格鲁派的圣湖，相传为达赖和班禅的护法神吉祥天母——班达拉姆的头盖骨所化）。观湖前同样要举行一系列隆重肃穆的法事活动，再根据观湖所显现的幻影征兆绘制成地图，由高僧及上世活佛的亲随组成几组寻访灵童的团队，各自出发寻找。

一般而言，寻访灵童的僧队，会隐匿身份，假扮成商客，到目的地打探与活佛圆寂时征兆和时间符合的孩童。对孩童及其家庭进行一些很自然的观察和测试，以便确认其身份。被选中的灵童都能够准确地辨认出前世活佛使用过的物品、法器，认出他身边亲近的人，说出一些前世的具体事情，这些都无法刻意作假。

灵童在被认定之后，要学习经咒、仪轨，准备随后的坐床大典，接受信众的朝拜，同时为信众摩顶祈福。坐床典礼漫长浩繁，若非前世因缘，绝非寻常稚龄孩童在短时间内可以熟悉胜任。

若最后只寻得一位灵童，经过测试确认是他无疑，便可以先报当时的西藏地方政府，再报中央政府，等待确认后，举行正式的坐床大典，若是寻得不止一位灵童，那么便先都迎请回拉萨，在大昭寺的释迦牟尼等身像前举行庄重的金瓶挚签仪式。

因挑选灵童，涉及多方的利益，为防有人及相关宗教势力操纵，乾隆五十八年（1793），清廷颁布了《钦定藏内善后章程二十九条》，乾隆皇帝建立金瓶掣签制度，特颁两只金瓶及一定数量的象牙签牌，在认定转世灵童时作为“佛断”掣签之用。

金瓶共有两只，一个放在北京的雍和宫，供甘肃、青海、蒙古认选灵童时使用；一个放在拉萨大昭寺，供卫藏地区使用。

驻藏大臣和班禅示意经师开始诵经，诵到规定时间，再由指定的活佛跪请驻藏帮办大臣在瓶前行一跪三叩首礼，双手将签举过头顶，然后慢慢放入瓶内。

此时，驻藏办事大臣还必须侍立在帮办大臣左侧，以示庄重威严。帮办大臣将象牙签放入金瓶后，旋转多次，将瓶盖盖好，起身和办事大臣一同退归原座。

僧众接着继续诵经，念到应掣签时，由指定的活佛跪请驻藏办事大臣在瓶前行一跪三叩首礼，跪取瓶盖，旋转多次，掣出一只象牙签牌，帮办大臣侍立于办事大臣左侧，拆开黄纸，当众观看掣出的是哪位候选灵童，同时令各灵童家族头人跪看象牙签牌，再由满印房官员送给班禅审阅，将签贡于瓶前。”

最后，没有掣出的象牙签牌，亦当众拆开观看，并令各灵童家族头人过目，使众人心服口服。至此，金瓶掣签典礼完毕。

班禅转世灵童的金瓶掣签按照相同程序进行，由达赖协助掣出。

其他未被选中的灵童，若是被认定为其他活佛的转世，会得到良好的经院教育。若寻访到的灵童只得一位，且诸般征兆法相都极为允和，众人无疑义，那么可以由班禅和三大寺高僧会同西藏当地政府高官及驻藏大臣报请中央政府，免于掣签（如十世班禅大师就是此例）。

以“佛断”达赖的转世灵童为例，先由清驻藏大臣会同班禅及三大寺的活佛高僧将所寻得的数名灵童的名字、年龄分别用满、蒙、藏文写在一只象牙签牌上，由驻藏办事大臣令满印房官员呈递阅看姓名、年龄有无差错，再送至班禅核对后，让各灵童的家族头人跪看象牙签上书写的年龄、名字有无差错；随后，交满印房官员，用黄纸包好，贡于瓶前。

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