元朝的管理结构与传统王朝有所不同。像许多古代王朝一样，元朝的治理系统也分为政府、军队、监察等部分，还有专门为宫廷服务的机构。然而，元朝由于其辽阔的疆域、复杂的民族构成以及天生的扩张性，其制度与传统王朝相比有着很大的区别。 元朝的官僚体制与金国相似，采用了省级管理制度。金国由尚书省管理国家事务，而元朝则由中书省负责文官体系的运转。 为了防止权臣的出现，元朝没有设立中书令职务，而是由左右丞相担任最高的行政职务。然而，这一制度并没有从根本上遏制权臣的崛起。历史上，燕铁木儿、伯颜和脱脱等权臣的出现便证明了这一点。 从长远来看，防止权臣的最佳办法，可能是实施类似唐宋时期的群相制，或者如明清那样由皇帝直接指挥六部。 与传统王朝相似，元朝的中书省下设六部，负责执行朝廷政策： - 吏部负责官员的考核、升迁、调动等人事事务； - 户部负责人口统计、税务、货币发行等财政事务； - 礼部除管理礼仪外，还负责学校和宗教制度的制定； - 兵部原本负责军屯、驿站和调配军事所需的牲畜，但实际上并不涉及军事指挥，仅负责后勤事务； - 刑部负责起草刑法政令、复审死刑案件以及登记罪犯及其家属财产； - 工部则负责管理政府工坊、城堡修建、工匠选拔和工程建设劳动力的征集。 然而，元朝的兵部实际上与军事无关，纯粹是一个后勤管理机构。甚至连驿站事务在1320年就被转交给了通政院处理。 刑部虽然负责案件复审，但无法审理涉及蒙古人和畏兀儿人等特定民族的案件。蒙古人的案件由大宗正府负责，畏兀儿人和色目人的案件由都护府审理。如果案件涉及不同民族，才会由汉人与蒙古人共同组成审案小组。 这样做的目的是对蒙古本部和色目人提供某种程度的保护。

在地方管理上，元朝设有行中书省，分布在全国11个行省，行省的管理权直接隶属于中书省。行省下辖府、州、县，每一级都有朝廷任命的达鲁花赤进行监督。 因此，行省实际上只是中书省的分支，元朝并没有形成一个成熟的地方官僚体制。 除了中书省的六部和地方行省，元朝还设有一些专业的管理机构。例如，1261年设立的劝农司负责农业、养蚕和水利等事务；1291年设立的都水监专门处理水利事务；1277年设立的市舶司负责海洋贸易。 此外，御史台在元朝也有类似中书省的运作方式。为了更好地监督各地，元朝在各地设立了行御史台。这些行御史台有长期和短期之分，像江南、陕西的行御史台是长期设立的，而河西、云南则在不同时间被撤销。 由于监察职责的广泛，元朝的御史群体也较为庞大，像大都的御史台就设有32名监察御史，江南和陕西的行御史台分别有28和20名。 在御史台的高级官员中，大部分是蒙古人和色目人，只有低级别的监察御史才会由汉人担任。 在军事领域，元朝将军队完全与其他行政、监察机构隔离。蒙古人认为，行政系统是汉化的，而军队则维持蒙古式的管理模式。为了保持蒙古本部的军事优势，元朝将所有与兵部相关的事务都移交给1263年设立的枢密院。这样一来，军事事务便与文官系统完全分开，并且可以避免泄露机密。 《元史》记载枢密院的职责是掌天下兵甲机密之务。虽然宋朝的枢密院也有军事职责，但元朝的枢密院则完全脱离了兵部，后者被变成了一个纯粹的后勤部门。 元朝的军人根据民族成分划分为汉军、蒙古军和新附军：汉军由北方汉人、契丹人、女真人和高丽人组成；蒙古军则由蒙古人组成；新附军则是江南的汉人部队。

对于成吉思汗时代的怯薛，忽必烈将其扩编为宿卫，宿卫中一半是蒙古和色目人，一半是汉人。宿卫的管理由枢密院负责。 但枢密院的权力无法覆盖到地方军队，元朝的地方驻军由万户府管理。若遇到特殊情况，元朝会临时设置行枢密院，但在任务完成后就会撤销。 元朝的武官主要由蒙古人和色目人担任，并实行世袭制。尽管这确保了军队对帝国的忠诚，但由于枢密院无法直接管理地方军队，很多地方的军队实际上变成了独立的军阀，这导致了与朝廷的关系疏远。 此外，分封在北方各地的宗王也是地方的军事和行政力量，他们集军权、民权和司法权于一身，拥有极大的地方独立性。宗王与万户一起，成为元朝迅速崩溃的主要因素。 在行政、监察和军事系统之外，元朝还设有许多专门为皇室服务的机构。例如，1278年设立的宣徽院，专门负责管理皇宫的饮食等事务，替代了之前怯薛的职责。太史院、司天监、回回司天监、太医院等也都是为皇室提供服务的机构。 另外，元朝还设立了不少机构，全面覆盖帝国事务。1264年元朝迁都大都时，设立了翰林兼国史院，负责撰修辽金史，同时还设有蒙古翰林院，负责蒙文谕旨的起草和翻译工作。 除了这些，元朝还设有专门管理道教的集贤院（1285年设立），管理佛教和吐蕃地区事务的宣政院等。 总的来说，元朝的制度是蒙古传统、金朝旧制、汉人制度和中亚风俗的混合体。虽然元朝的制度较为全面，但实际上也存在许多漏洞。最根本的问题在于元朝的统治者与百姓之间的隔阂，地方和宗王的独立性过强，未能实现真正的中央集权。 因此，元朝在没有足够时间进行制度完善的情况下，便被朱元璋的明朝取而代之。元朝的失败，正是因为其制度本身存在严重缺陷，类似北宋因冗杂的制度而灭亡。