芳环化学的重大进展及高效C(sp2)-C键构建方法(如Suzuki-Miyaura偶联)的开发,曾极大地推动了苯环在活性中间体设计中的广泛应用。然而,苯环自身在理化性质、代谢稳定性及安全性方面的局限,限制了其进一步应用,促使领域内 更多地探索高Fsp3片段或苯环生物电子等排体。随着研究的深入, 苯环等排体的改善效果,能解决哪种研发痛点是人们关注的内容。
邻位/间位/多取代苯的(生物)电子等排体
此类电子等排体近年成为研究热点,主要包括多取代双环烷烃(双环[1.1.1]戊烷(BCP)、双环[2.1.1]己烷(BCH)、双环[3.1.1]庚烷(BCHep))和多环烃(包括立方烷、楔烷、[2]-梯烷)。其合成方法在原文中查看。
以双环[1.1.1]戊烷(BCP)为例,将BCP替换化合物中的苯环,各化合物代谢稳定性、渗透性、溶解度得到明显改善。
此外,以单取代苯的酰胺衍生物2c为模型化合物,通过匹配分子对(MMP)方法,系统评估比较了sp3-rich桥联双环系统(如BCP、BCHex、BCHep、BCO) 替代苯环后的代谢稳定性与ADME特性。
模型化合物2c:结构设计为3,4,5-三氟-N-苯基苯甲酰胺,左侧三氟苯通过电子效应阻断代谢,右侧单取代苯为唯一代谢靶点,确保评估聚焦于苯环替代效果;
代谢稳定性显著提高
桥联双环对苯环的代谢改善效果生物核心是刚性3D结构阻碍CYP450对C-H键的氧化,使用桥联双环对苯环进行替代,例如2c→3a,小鼠肝微粒体(MLM t1/20.87→4.90)、人肝微粒体(HLM t1/22.97→16.20)的代谢得到改善,稳定性提升5.6倍。其中,BCO代谢稳定性最佳,其HLM t1/2稳定性提升13.7倍。
结构修饰进一步强化稳定性
桥头氟取代:4a(3-氟BCP)的t1/2在MLM/HLM中均>120 min,较2c提升137.9倍,因氟原子的电子效应降低C-H键活性,阻断CYP450氧化;
氧杂双环展现最优ADME
氧杂双环( 6a-6d)通过氧原子替换桥碳,同时优化代谢、溶解度与通透性。 氧原子降低亲脂性、增加极性,同时破坏CYP450的疏水结合口袋,进一步提升代谢稳定性。
桥联双环选型“优先级”
首选:氧杂双环(6a-6d):同步优化代谢、溶解度、通透性,成药性综合表现最优,适用于口服给药的药物研发场景;
次选:桥头氟取代BCP(4a):代谢稳定性最优,适用于对代谢半衰期要求严苛的场景(如中枢神经系统药物);
慎用:立方烷/环己烷:立方烷因疏水性强导致水溶性极低;环己烷因环系刚性不足,代谢稳定性显著劣于桥联双环类,二者均需谨慎选用。
此外,取代基电子效应对成药性影响显著,强弱顺序为:氟>羟基>氨基>甲基。其中,优化水溶性优先引入氨基或羟基;强化代谢稳定性优先引入氟原子。
但该结论仅适用于3,4,5-三氟-N-苯基苯甲酰胺结构,将其外推到其他化学类别,需要进一步实验验证!
对位取代苯的(生物)电子等排体
对位取代苯是最常见的芳烃取代模式,饱和的多环核,特别是含有小环的核,通常表现出更好的水溶性和改善的代谢稳定性。其等排体因取代基共线几何结构易设计,主要包括双环烷烃(双环[1.1.1]戊烷(BCP)、双环[2.2.2]辛烷(BCO))和立方烷。例如,辉瑞γ-分泌酶抑制剂(22→23)使用1,3-二取代BCP替代苯环,化合物的IC50(Aβ42)从0.225→0.178 nM,溶解度从0.6→216 μM。
杂原子嵌入多环(生物)电子等排体
杂原子(氧、氮等)嵌入的核心优势是在保留3D结构刚性的同时,通过杂原子的孤对电子和极性提升水溶性、降低亲脂性,并增强与靶点的氢键相互作用。
氮杂环化合物
在FDA 2013-2023年批准的药物中,新的小分子药物中有82%含有氮杂环。此外,每种药物的氮杂环数量也显著增加,大量药物含有两个(33%)、三个(23%)或四个(8%)氮杂环,两种批准的结构含有六个氮杂环。
FDA批准的独特新小分子药物集中出现的前35个氮杂环,排名前五位的是吡啶,哌啶,吡咯烷,哌嗪和嘧啶。
氮杂原子的引入给双环化合物带来新的变化,进一步改善化合物的水溶性。通过氧杂环丁烷腈186还原开环(LiAlH4)、银催化BCB与异氰192环加成合成氮杂双环[3.1.1]庚烷(aza-BCHep),作为3,5-二取代吡啶等排体,降低亲脂性。
氧杂环化合物
氧杂双环[2.1.1]己烷(oxa-BCH)
通过[2π+2σ]光环加成(苯甲酰甲酸酯176+BCB 109→177)、碘醚化(183→1,4-二取代oxa-BCH 184)合成氧杂双环[2.1.1]己烷,应用于氟唑菌酰胺类似物206,水溶性从25→155 μM。
氧杂双环[2.2.2]辛烷(oxa-BCO)
碘醚化合成氧杂双环[2.2.2]辛烷,应用于伊马替尼类似物209,cLogP从 4.5→2.6,半衰期从60→87 min。
螺环
螺环化合物因含高Fsp3、刚性3D结构及独特的取代基离去向量,可解决药物研发中的关键挑战。从20世纪90年代初开始药物中螺环含量逐年增加,并在2022年达到顶峰,研究发现螺环化合物解决药物研发中生物效能、溶解度、代谢稳定性、hERG毒性四大核心痛点。
通过固定分子构象 提升靶点结合potency与选择性(如Bcl-2抑制剂potency从 28 nM降至 0.039 nM);
破坏晶体堆积 改善水溶性(如PIP5K1C抑制剂溶解度从<1 μM提升至12 μM);
空间位阻阻断代谢软点 增强稳定性(如STK33抑制剂人肝微粒体半衰期从< 10 min延长至601 min);
调节碱性和亲脂性降低hERG抑制风险(如LRRK2抑制剂hERG IC 50从7.8 μM提升至> 60 μM)。
螺环是药物化学关键骨架,可同步解决四核心难题,合成成熟、砌块丰富;但复杂螺环立体合成待突破,部分步骤多、成本高。
总结
目前,已开发出覆盖对位、邻位、间位及多取代苯的饱和等排体,其中,sp3富集三维饱和桥联双环作为苯环的高效生物电子等排体,其显著提升代谢稳定性,消除活性代谢物生成;协同优化水溶性、膜通透性与血浆蛋白结合,解决苯环的类药性缺陷。
关键挑战:
手性控制:桥位取代双环烷烃对映选择性合成案例极少,仅P450BM3酶催化BCP胺羟基化有报道;
结构匹配:饱和等排体缺苯环π-堆叠作用,键距/扭转角差异或降生物活性;
合成复杂性:1,2,4-三取代BCP等多桥取代等排体、氮杂立方烷等杂原子立方烷无高效合成法。
未来方向:
开发模块化手性合成方法、探索杂原子新骨架、拓展3D化学空间,将等排体从“苯环替代物”升级为自主药物核心骨架。
参考文献:
[1] Three-dimensional saturated C(sp3)-rich bioisosteres for benzene. Nature Reviews Chemistry,8, 605–627 (2024).
[2] Beyond Bioisosteres: Impact of Replacing a Benzene Ring with sp3-Rich Three-Dimensional Saturated Bridged Bicyclic Match Pairs on Biotransformation, Metabolic Stability, and Other ADME Profiles [J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2025.
[4] An Update on the Nitrogen Heterocycle Compositions and Properties of U.S. FDA-Approved Pharmaceuticals (2013–2023) [J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2024, 67(14): 11622-11655.
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